Dintre cei mai cunoscuți, primul om de știință care a descoperit fructoza este chimistul Emanuel Nobel Nordenskiöld. Acesta a izolat zahărul din miere în anul 1847. Deși nu se cunoaște cu exactitate cine a descoperit și denumit fructoza, Nordenskiöld este considerat unul dintre principalii cercetători ai substanței.
Ulterior, în anul 1875, chimistul Emil Fischer a elaborat o metodă de sintetizare a fructozei fara zaharoza prin hidroliza acidă a inulinului. Acest proces a permis o mai bună înțelegere a structurii chimice a fructozei.
Dincolo de aceste informații, se crede că fructoza era deja cunoscută și utilizată de diferite culturi încă din timpurile antice, fiind prezentă în miere, fructe și diverse alimente. De exemplu, babilonienii o utilizau pentru îndulcirea hranei înca din anul 900 î.Hr.